延續前一集的劇情獅子亞歷克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑馬馬蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、長頸鹿邁爾曼（大衛·休默 David Schwimmer 配音）、河馬格洛里亞（賈達·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鵝們為了能離開馬達加斯加島回到五光十色的紐約對一架破舊的失事飛機進行維修改造并成功起飛當大家已經開始慶祝終于可以回到紐約時飛機卻意外降落迫降到了非洲大草原上在這兒獅子亞歷克斯終于見到了它的父母但是由于生活習性上太多不一樣而且言行舉止各異使得這群紐約來的動物們顯得格格不入這群昔日紐約中央公園的動物明星們在這野外艱難的環境中應該怎么辦雖然在這兒遇見了自己的同類但因為習性不同使得自己無法完全融入他們的群體為了能融入環境與同類們建立良好的關系大家都是施展各種招式笑料百出