自2002年X檔案的六年后前聯邦探員丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）調任某教會醫院擔任醫師福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾）則過著隱居的生活繼續著對超自然現象的關注某天FBI探員前來請求他們的幫助原來一段時間內維吉尼亞州接連有數名女子神秘失蹤其中甚至包括一名聯邦探員由于神父約瑟夫（Billy Connolly 飾）聲稱看到了犯罪畫面因此FBI希望對超自然案件有著豐富經驗的穆德和斯科莉協助調查然而隨著調查的深入穆德和斯科莉卻發現案件的黑暗遠遠超出他們的想象這對合作多年的搭檔面臨著巨大的考驗…… 　　本片為同名美劇的第二部劇場版