故事發生在日本的江戶時代一名神秘的男子出現在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前他手握妖刀“紅櫻”要求試刀這個夜晚之后桂便下落不明桂的寵物伊麗莎白（高松信司 配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠 配音）和新八（坂口大助 配音）委托他們尋找主人的下落同時銀時（杉田智和）也受到委托尋找四處作惡的紅櫻的下落三人的線索匯聚到了一艘空中飛艇上由于遠離警察的管轄范圍飛艇里的惡勢力一手遮天在那里銀時遇見了曾經的戰友現在的對手高杉晉助（子安武人 配音）高杉正帶領著自己的鬼兵隊企圖毀滅江戶一面是窮兇極惡的恐怖分子一邊是暴虐嗜血的妖刀紅櫻身受重傷的銀時能夠平安脫險拯救江戶嗎　　此次劇場版重制了《銀魂》動畫中的《紅櫻篇》其中在原作中未出場的真選組也將在故事中大顯身手