城市在恢復平靜后大反派重新召集舊部卷土重來并勾結外星惡勢力朗格試圖稱霸地球忍者神龜萊昂納多（皮特·普勞澤克 Pete Ploszek 飾）、拉斐爾（阿蘭·里奇森 Alan Ritchson 飾）、多納泰羅（杰瑞米·霍華德 Jeremy Howard 飾）和米開朗基羅（諾爾·費舍 Noel Fisher 飾）與女記者艾蓓麗爾·奧尼爾（梅根·福克斯 Megan Fox 飾）、韋恩·芬威克（威爾·阿奈特 Will Arnett 飾）及面具義警凱西·瓊斯（斯蒂芬·阿梅爾 Stephen Amell 飾）并肩作戰打擊惡徒在史萊德（布萊恩·泰 Brian Tee 飾）逃脫拘留后他與瘋狂的科學家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 飾）及其兩個笨拙的左膀右臂豬面和牛頭聯合發布了一個控制世界的惡魔計劃在神龜們與史萊德及其同伙對抗的同時他們發現自己正面臨著一個更邪惡的力量大反派格朗神龜們面對的將是宇宙級的強大對手