奈葉（田村由香里 配音）本是一位平凡的小學三年級女生卻因為意外遇見了來自異世界的尤諾而成為了魔法少女投入到了爭奪遺產的戰斗之中在上一次事件結束之后奈葉告別了與之結下深厚友誼的菲特（水樹奈奈 配音）重新回歸了平靜的日常生活接受著魔力訓練以防備敵人的下一輪猛烈襲擊　　某日一個神秘的魔法結界出現在了海鳴市的上空這不尋常的現象吸引了奈葉的注意果不其然奈葉遭到了紅發魔法少女維塔（真田麻美 配音）的攻擊讓奈葉沒有想到的是維塔竟然一下子就破壞了奈葉堅固的防御所幸菲特及時出現奈葉才幸免于難而維塔的出現意味著有一場陰謀正在秘密展開