三年前太空飛船獵戶號墜毀學園都市由此引發了嚴重的慘劇而該事件也促成宇宙電梯恩底彌翁（Endymion）的建設在恩底彌翁接近完工的前夕上條當麻（阿部敦 配音）和茵蒂克絲（井口裕香 配音）揭示了熱愛歌唱的少女鳴護亞麗莎心懷夢想的亞麗莎經過不斷的修業和努力終于得到了試鏡的機會并有可能在恩底彌翁落成的慶?；顒又醒莩?這一晚當麻、茵蒂克絲和亞麗莎在夜歸途中遭到史提爾率領的魔法師們的攻擊而學園都市秩序維持部隊的介入無疑標志著魔法側和科學側全面戰爭即將爆發亞麗莎的體內究竟隱藏著怎樣的力量和秘密……　　本片根據鐮池和馬（創作）、灰村清孝（插畫）的輕小說改編