市立見瀧原中學又迎來平靜祥和的一天就讀于二年級的女孩鹿目圓（悠木碧 配音）和朋友美樹沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）盡情討論戀愛的話題享受少女的快樂青春這時班上轉來了名叫曉美焰（齋藤千和 配音）的新生這個帶著些許神秘氣質的女孩讓小圓頗感疑惑與沙耶加下學回家路上小圓聽到呼救聲聲音來自一只渾身傷痕累累的未知生物而追殺它的正是曉美焰危急時刻她們得到同為見瀧原中學學生的魔法少女巴麻美（水橋香織 配音）的幫助進而得知那只名叫丘比的生物有能夠幫助人變成魔法少女的能力少女們無意間開啟了通往另一個世界的大門……　　本片為魔法少女的劇場版分三部上映由TV版12話重新編集而成